Die Prager verbinden den Namen Apolinář weniger mit der sehenswerten gotische Kirche in der Straße, der sie den Namen gibt - Apolinářská, sondern eher mit der berühmten Entbindungsklinik, die sich in dem auffälligen neugotischen Ziegelgebäudekomplex unmittelbar nördlich davon befindet. Oder für diejenigen, die Probleme mit Drogen und Alkohol haben, ist Apolinář Synonym für die Heilanstalt unweit der anderen Klinik.
Stadtführer erwähnen St. Apollinaris kaum, obwohl sich dort einzigartige Fresken befinden und ihr imposanter Turm in der Prager Neustadt nicht zu übersehen ist.

Um Apollinaris von Ravenna, geboren in Antiochia, gestorben und begraben in Ravenna, Gründer und Bischof der christlichen Gemeinde von Ravenna, ranken sich viele Legenden. Noch Petrus selbst soll ihn als Bischof eingesetzt haben, Heiden hätten ihn überfallen und qualvoll getötet oder, er habe die Misshandlungen überstanden und sei nach Dalmatien gegangen. Die katholische Kirche verehrt ihn als Heiligen - die größte Kirmes am Rhein in Düsseldorf wird zu seinem Namenstag gefeiert.

Karl IV. lässt die Kirche auf dem Hügel Větrov (Windberg/Wetterspitze) erbauen, als er das Kollegiatstift St. Apollinaris von Sadská nach Prag verlegt. Den Ort hat der Herrscher nicht zufällig ausgesucht, nach seinem Baukonzept soll das Ganze an den Jerusalemer Tempelberg erinnern.

St. Apollinaris bildet das geografische Zentrum der Neustadt und eines imaginären Kreuzes:
Die Nord-Süd-Achse besteht aus den Kirchen Sv. Kateřina (St. Katharina) und Zvěstování Panny Marie Na slupi (St. Maria auf dem Rasen) , der vertikale Balken des Kreuzes dehnt sich später nach Süden aus, er hat nun seinen Fuß auf dem Vyšehradě in der Peter-und-Paul-Kathedrale . Die Ost-West-Achse besteht aus Kostel Panny Marie na Slovanech (Kirche der Jungfrau Maria bei den Slaven) und Kostel Nanebevzetí Panny Marie a Svatého Karla Velikého (Kirche der Himmelfahrt der Jungfrau Maria und Kaiser Karls d. Gr.) . In Sv. Apolináře (St. Apollinaris) kreuzen sich die Achsen.
Ihre Lage ist tragendes Element der Stadtplanung, die Kirchengebäude werden schrittweise errichet: Kirche der Jungfrau Maria bei den Slaven 1347, Kirche der Himmelfahrt der Jungfrau Maria und Kaiser Karls d. Gr. 1352, St. Katharina 1355, St. Maria auf dem Rasen 1360 und St. Apollinaris 1362. St. Maria auf dem Rasen, St. Apollinaris und St. Katharina stehen in einer Linie und haben gleiche architektonische Eigenschaften.

Der einschiffige, fünfjochige Bau der Kirche ST. Apollinaris besitzt einen zweijochigen Chor mit polygonalem 5/8-Schluss und einem Turm, der ein achteckiges Obergeschoss aufweist. Reiche Fresken bedecken beide Seitenwände, entstanden um 1390, jahrhundertelang unter dem Putz versteckt.
Die andere Ausstattung ist viel jünger als die Fresken, der Altar stammt aus der Kirche von Karlov, 1785 hierher übertragen. Im 18. Jahrhundert wird die Kirche als Prüfstelle für Kanonen genutzt. Der Park auf der Südseite der Kirche ist unzugänglich, auch die römisch-katholische Kirche nur Sonntagabend zu Messen geöffnet.